Biblioteki napisane w Nextflow

rnaseq

Rurociąg analizy sekwencjonowania RNA przy użyciu STAR, RSEM, HISAT2 lub Salmon ze zliczaniem genów/izoform i rozbudowaną kontrolą jakości.
  • 646
  • MIT

patterns

Wyselekcjonowana kolekcja wzorców implementacji Nextflow (autor: nextflow-io).
  • 281
  • MIT

sarek

Potok analizy do wykrywania wariantów linii zarodkowej lub somatycznych (przetwarzanie wstępne, wywoływanie wariantów i adnotacje) z WGS / sekwencjonowania ukierunkowanego.
  • 256
  • MIT

chipseq

Potok ChIP-seq do wyznaczania wartości szczytowych, kontroli jakości i analizy różnicowej.
  • 149
  • MIT

atacseq

ATAC-seq szczytowe wywołanie i potok analizy QC.
  • 142
  • MIT

mag

Składanie i binowanie metagenomów.
  • 134
  • MIT

eager

W pełni powtarzalny i najnowocześniejszy potok analizy starożytnego DNA.
  • 96
  • MIT

configs

Pliki konfiguracyjne używane do definiowania parametrów specyficznych dla środowisk obliczeniowych w różnych Instytucjach (przez nf-core).
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Dowód koncepcji potoku RNAseq.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) przepływ pracy w zakresie najlepszych praktyk w przypadku chorób rzadkich.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Precyzyjne typowanie HLA z danych sekwencjonowania nowej generacji.
  • 45
  • MIT

rnatoy

Weryfikacja koncepcji potoku RNA-Seq z Nextflow.
  • 28

GATK

Germline Variant Calling Pipeline Nextflow w oparciu o najlepsze praktyki GATK4.
  • 11