Biblioteki napisane w Nextflow
rnaseq
Rurociąg analizy sekwencjonowania RNA przy użyciu STAR, RSEM, HISAT2 lub Salmon ze zliczaniem genów/izoform i rozbudowaną kontrolą jakości.
- 646
- MIT
sarek
Potok analizy do wykrywania wariantów linii zarodkowej lub somatycznych (przetwarzanie wstępne, wywoływanie wariantów i adnotacje) z WGS / sekwencjonowania ukierunkowanego.
- 256
- MIT
chipseq
Potok ChIP-seq do wyznaczania wartości szczytowych, kontroli jakości i analizy różnicowej.
- 149
- MIT
configs
Pliki konfiguracyjne używane do definiowania parametrów specyficznych dla środowisk obliczeniowych w różnych Instytucjach (przez nf-core).
- 71
- MIT
rare-disease-wf
(WIP) przepływ pracy w zakresie najlepszych praktyk w przypadku chorób rzadkich.
- 51
- MIT